Bioinformatics Workshop on RNA-seq data analysis
Quantifying, exploring, modeling and interpreting gene expression data
When: June 30, 2023, 2:00 p.m. – 5:00 p.m.
Where: University Hospital Frankfurt, Building 9, Room 112
Instructor: Dr. Federico Marini, Deputy Head of the Statistical Genomics and Bioinformatics Division, IMBEI, Mainz
On the initiative of the YoungOnc Community of the MSNZ, FCI and DKTK, we jointly offer a bioinformatics workshop on RNA-seq data analysis aimed at advanced PhD students, postdocs and clinician scientists. Ideally, you should already have RNA-Seq data available in your project that you would like to analyze, or have a specific project involving RNA-Sequencing planned as part of your own research.
The workshop consists of a lecture part covering the theoretical background of NGS-based RNA-sequencing, a step-by-step guide how to derive at a gene expression matrix and data exploration using iSEEE. The lecture is followed by a hands-on part where you will explore either your own or a prepared data set with expert guidance from experienced bioinformaticians. All analyses shown in the course will be performed using the open source tool R on your own device. Basic experience with the R programming language is strongly recommended as the course will not cover basic skills.
After the workshop, there will be an opportunity for networking with the YoungOnc and other workshop participants.
Please note that places are limited and an application is therefore required!
You can use this quiz to self-assess your skill level. It also provides recommendations for resources if you want to prepare and refresh your knowledge before participating in the workshop.
Please submit your application consisting of a short letter of motivation to msnz@kgu.de by May 15, 2023. Together with the instructor, we will carefully review all applications and, if capacity limits are reached, select the participants who will benefit most from attending. You will be informed by the end of May whether your application has been accepted.
For questions please contact:
Dr. Sebastian Wolf
E-Mail: sebastian.wolf@kgu.de
Dr. Tinka Haydn
E-Mail: msnz@kgu.de
Telefon: 069 / 6301-7251
Past Events
Start Your Project in Translational Oncology!
Networking für Clinician Scientists und Studierende der Medizin
Die YoungOnc des Mildred-Scheel-Nachwuchszentrum (MSNZ) Frankfurt laden zu ihrem ersten Networking-Event ein, bei dem die MSNZ-Fellows ihre Arbeit und mögliche Projekte für medizinische Promotionen und für Clinician Scientists vorstellen. Gleichzeitig wird über interne und externe Fördermöglichkeiten informiert.
Wann? 01. Dezember 2022, 15:30 – 17:00 Uhr
Wo? Haus 22, Hörsaal 22-2 „Franz Volhard“ und Foyer im 1. Obergeschoss
Die Veranstaltung richtet sich an alle interessierten Ärztinnen und Ärzte in der Facharztausbildung, die an der Schnittstelle zwischen Klinik und Forschung aktiv sein möchten und nach den passenden Laboren, Kontakten und Projekten suchen. Insbesondere sind auch Studierende der Medizin mit Interesse an einer experimentellen Doktorarbeit angesprochen, die auf der Suche nach einem spannenden Projekt in der translationalen Krebsforschung sind.
Die Arbeitsgruppen stellen sich zu Beginn der Veranstaltung mit kurzen Flash Talks vor und stehen anschließend an Postern für ein Kennenlernen und zur Besprechung der Projekte zur Verfügung. Interessierte können also jederzeit zwischen 15:30 Uhr und 17:00 Uhr vorbeischauen.
Ebenso besteht während der Veranstaltung die Möglichkeit, sich gleich über passende interne und externe Fördermöglichkeiten für die wissenschaftliche Tätigkeit neben dem Klinikalltag sowie über Stipendien für die medizinische Promotion zu informieren. Bei Getränken und Snacks können Erfahrungen ausgetauscht und Kontakte geknüpft werden.
Haben Sie Fragen? Sprechen Sie uns an:
Dr. Konstantinos Kokkaliaris
E-Mail: konstantinos.kokkaliaris@kgu.de
Telefon: 069 / 6301-84561 (English preferred)
Dr. Tinka Haydn
E-Mail: msnz@kgu.de
Telefon: 069 / 6301-7251
Vorstellende Arbeitsgruppen und Themenbereiche
Leukämie & Lymphome
Dr. Konstantinos Kokkaliaris, Dr. Senckenbergisches Institut für Pathologie
Dr. Anjali Cremer, Medizinische Klinik 2, Hämatologie/Onkologie
Dr. Raj Bhayadia, Klinik für Kinder- und Jugendmedizin
Dr. Sebastian Koschade, Medizinische Klinik 2, Hämatologie/Onkologie
Neuroonkologie
Dr. Thomas Broggini, Klinik für Neurochirurgie
Dr. Katharina Weber, Edinger Institut
Dr. Katharina Wenger-Alakmeh, Institut für Neuroradiologie
Dr. Ann-Christin Hau, Dr. Senckenbergisches Institut für Neuroonkologie
Solide Tumoren
Dr. Eva Rettinger, Klinik für Kinder- und Jugendmedizin
Dr. Patrizia Malkomes, Klinik für Allgemein- und Viszeralchirurgie
Dr. Anne Fassl, Klinik für Urologie
Bioinformatik
Dr. Katharina Imkeller, Edinger Institut
Dr. Nadine Flinner, Dr. Senckenbergisches Institut für Pathologie
Karrierebeispiele
Dr. Anjali Cremer, Advanced Clinician Scientist & Max Eder Fellow
Dr. Julius Enssle, Clinician Scientist gefördert durch das Walter Benjamin-Programm (DFG)
Fördermöglichkeiten
Dr. Sabine Seuter, Fachbereich Medizin
Dr. Tinka Haydn, Universitäres Centrum für Tumorerkrankungen (UCT) Frankfurt
Dr. Michael Paulitsch, Promotionskolleg für Studierende der Medizin
